Является важным диагностическим методом. Все бактерии по отношению к окраске по Граму делятся на грамположительные - темно-фиолетового цвета и грамотрицательные - красного. Способность окрашиваться в тот или иной цвет зависит от строения их клеточной стенки и коррелирует со многими другими свойствами бактерий. У грамположительных бактерий в клеточной стенке отсутствуют ароматические и серосодержащие аминокислоты, отмечается низкое содержание липидов, у грамотрицательных, напротив, эти вещества содержатся в большом количестве. Кроме того, у грамположительных бактерий имеется магниевая соль рибонуклеиновой кислоты, отсутствующая у грамотрицательных. Она и образует прочный химический комплекс с белком, генцианвиолетом и йодом, который не разрушается при кратковременном действии спирта. У грамотрицательных такой комплекс не образуется. Они легко обесцвечиваются под действием спирта. Фуксин докрашивает грамотрицательные микроорганизмы в красный цвет

Применяется для дифференциации кислотоустойчивых бактерий от кислотоподатливых. После окраски карбол-фуксином и обработки серной кислотой, кислотоустойчивые бактерии сохраняют красный цвет, а кислотоподатливые обесцвечиваются

При окрашивании по методу Романовского-Гимзы ацидофильные структуры приобретают различные оттенки красного цвета, а базофильные-цвета от пурпурного до синего. Это позволяет детально изучить морфологию микроорганизмов и других клеточных структур

Сходен с методом Циля-Нильсена, но отличается использованием раствора соляной кислоты в качестве протравы, разрыхляющей оболочку споры, которая плохо воспринимает красители

Используется для выявления зерен волютина. Мазок окрашивается уксуснокислым метиленовым синим, при этом происходит химическое взаимодействие красителя и волютина. Зерна волютина окрашиваются в черный цвет. При промывке водой тело клетки обесцвечивается и затем докрашивается везувином в желто-коричневый цвет

Является негативным методом окраски: окрашивается фон, а не сами микроорганизмы. Для этого используют красители, не окрашивающие бактерии, например тушь

Используется для окраски капсульных бактерий и основан на том, что капсула не воспринимает красители. Капсулу выявляют негативным контрастированием фона по Бурри

Предназначен для обнаружения путём импрегнации серебром вирусов, а также выявления микроструктуры бактерий (в том числе риккетсий, спирохет), жгутиков, аргирофильных и аргентофильных включений и гранул. Принцип метода состоит в том, что при обработке аммиачным раствором серебра эта соль восстанавливается в исследуемом объекте и специфические ингредиенты объекта избирательно окрашиваются в коричневато-чёрный цвет